La Corona de Aragón fue el único tribunal inquisitorial de toda Europa que perseguía la homosexualidad gracias al Papa Clemente VII.

            

Papa Clemente VII.
Retrato de Sebastiano del Piombo.

La Inquisición española, siguiendo los pasos de la Inquisición pontificia medieval, se ocupó al principio de los delitos de sodomía pero en 1509 el Consejo de la Suprema ordenó a los tribunales que no actuaran contra los homosexuales, excepto si estaban implicados en casos de herejía —que era la competencia exclusiva del Santo Oficio—. Previamente había habido protestas de algunas instituciones, como la que presentó la ciudad de Cartagena en 1504 o la de Murcia al año siguiente, porque consideraban que la sodomía no debía ser juzgada por la Inquisición sino por los tribunales ordinarios. Según el historiador Joseph Pérez, fue la presión de los poderes civiles —incluidas las Cortes de Castilla— las que obligaron a la Suprema a excluir la sodomía de la jurisdicción inquisitorial.

            Sin embargo, la Inquisición de la Corona de Aragón consiguió que el papa Clemente VII la autorizara en 1524 a perseguir a los "sodomitas", independientemente de si eran herejes o no. Así, la competencia sobre este delito difirió entre la Corona de Castilla —donde los tribunales inquisitoriales cumplieron la orden de la Suprema y no se ocuparon del "pecado nefando", cuya jurisdicción correspondía a los tribunales seculares y eclesiásticos ordinarios—, y la de Aragón, donde la Inquisición fue el tribunal encargado de perseguir a los homosexuales, competencia a la que "jamás renunciarían a pesar de las reiteradas quejas formuladas en las Cortes de Monzón de 1533". Además fue el único tribunal inquisitorial de toda Europa que tenía jurisdicción sobre la sodomía, porque ni la inquisición romana ni la inquisición portuguesa, actuaron sobre ella. La bula papal que otorgó la jurisdicción de la sodomía a la Inquisición de la Corona de Aragón fue firmada el 24 de febrero de 1524 por Clemente VII.