La Inquisición aragonesa mostró benevolencia hacia los homosexuales nobles.

Pastor penetrando a una cabra.
Litografía de Paul Avril.

La Inquisición aragonesa aplicó la pena de ser quemado vivo a los homosexuales (tanto hombres como mujeres), aunque a los menores de veinticinco años, eran condenados a galeras tras ser azotados. Además el Consejo de la Suprema conmutó muchas sentencias de muerte, especialmente si se trataba de miembros del clero, que, según el historiador británico Henry Kamen, "constituyó siempre una proporción muy alta de los acusados". La misma benevolencia mostraron hacia los homosexuales que eran nobles, como sucedió en el caso de Pedro Luis Garcerán de Borja.

En los casos más leves, en lugar de la pena de muerte, las condenas fueron la de galeras, azotes, destierro, reclusión, multas y trabajos forzados. La tortura era empleada en los interrogatorios, aunque se solía excluir a los menores de 20 años, y entre 1566 y 1620 se torturó a un mínimo de 851 acusados, de un total de 3.661. En el caso de los esclavos, a menudo eran condenados al destierro, incluso en el caso de haber sido declarados inocentes.

De los tres tribunales de la Corona de Aragón el más severo fue sin duda el de Zaragoza. Entre 1570 y 1630 juzgó 543 casos (incluidos los de "bestialismo" porque la Inquisición los contabilizaba en la misma categoría que la homosexualidad) de los que 102 finalizaron con la condena a muerte.